この映画におけるMATRIXは、究極の仮想現実空間である。そこには、悠久の天地があり、他者がいて、個人は現実と等価の生活を送ることが出来る……と、実感することが出来る。とすれば、MATRIXにおける“世界という認識”は、現実（と想定されるもの）における“世界という認識”と限りなく等価だ。いや、MATRIXは限りなく現実と等価だ。

作中人物の中で、このMATRIXに潜在するテーマに紛いなりにも関係していたのは、裏切ったサイファーだけだった。彼は独りで大きな問題に直面していた。“現実と限りなく等価の仮想現実空間”と“安っぽいテレビゲームに出てくるような荒廃した現実”のどちらを、“自分にとっての現実”として選択するべきか？ という問いだ。

もしサイファーが仲間を平気で裏切るような悪漢でなかったとしたら……もしサイファーがネオやモーフィアスに対し、真摯にこの疑問をぶつけていたなら、彼らはいったい何と答えただろう？ 映画はこの、自身に潜在する難題に対して最後まで無自覚だった。“現実に限りなく等価なMATRIX”を“仮想現実空間”と、“安っぽいテレビゲームに出てくるような荒廃した風景”を“現実”と問答無用に決めつけることで、それを隠蔽するべく物語に勧善懲悪を無理矢理付加することで、この映画は成り立っていたのだ。

ところで、このMATRIXとサイファーに潜在するテーマは、この映画の親である『攻殻機動隊』において主人公・草薙素子が懊悩していた問題に通じている。“世界とその中にいる自分という存在”に対する認識が（脳或いはそれに代わる器における）電気信号の瞬きでしかないなら、我々は自分と世界の実在――MATRIXの中にあっては不在――を証明することが出来ない。言うまでもなくデカルト等が繰り返してきた哲学的問題だが、現実と等価の仮想現実空間が出てきてしまったら、“我想う故に　我あり”は通用しない。何故なら、MATRIXの中にあっても、“我”は“想う”ことが出来るからだ。

結論を言ってしまえば、MATRIXの中にいる人間がMATRIXを“彼にとっての現実である”と認識してはならない根拠は何もない。我々にとって、現実を現実と証明する術がないのと同じことだ。ネオ達もまた、あの“安っぽいテレビゲームに出てくるような荒廃した風景”が現実であるとは証明していない。取りも直さず、MATRIXが仮想現実空間であることを証明しきっていない。だとしたら、サイファーを始め、あそこに囚われた全ての人間にとって、“どちらを自分にとっての現実として選ぶか？”は正誤の問題ではないはずだ。それでも“現実と限りなく等価の仮想現実空間”よりも、“安っぽいテレビゲームに出てくるような荒廃した現実”の方が良いと主張するなら、ネオ達は何らかの根拠を示さなくてはならない。この映画ではまだ示されていない。続編では示されるのだろうか？

（以下、『うる星やつら２　ビューティフル・ドリーマー』のネタバレ有り）

ちなみに『攻殻機動隊』の監督押井守は、『ビューティフル・ドリーマー』でも“現実”と“現実と等価な空間”――どっちを選ぶ？ というテーマを扱っていた。“ラムの夢”にも、“世界”があり“他者”がいて“自分”がいた。しかし、あの映画では“現実”と“夢”の違いに関し、一つの魅力的な解答を提示してくれた。

――確かに、現実を現実と証明することはできない。現実も夢かも知れない。でも、その現実という夢は“誰かの夢ではない夢”、“誰の夢でもない夢”という点で、その他の夢と違っている。

諸星あたるが“ラムの夢”を脱したのは、それがいかに魅力的であろうと、“誰かの夢”でしかなかったからだ。

ネオ達が行うべきは、MATRIXがコンピューターという“誰か”、その“誰かの夢”であることを証明することだ。MATRIXの背後に介在するはずの“誰かの意志と目的”を見出すことだ。このシリーズがＡ級のＳＦであろうとするなら、それを描くべく、ロジックを獲得することだ。勧善懲悪の物語で誤魔化すではなく、ＣＧを駆使した映像に頼るのでもなく。それが出来ない限り、あの“安っぽいテレビゲームに出てくるような荒廃した現実”も“誰かの夢”でしかない。そう、ネオ達の夢でしかない。MATRIXと同じく。

『マトリックス』に、“現実”はまだ出てきていない。

あの“安っぽいテレビゲームに出てくるような荒廃した風景”を“現実”であると、観客の誰にも認めさせることが出来たとき、シリーズは装い通りの反骨精神を獲得し、“管理社会による抑圧へのアンチテーゼ”になりえるだろう。