父親（トム・ハンクス）が自身の飛行場で、2人の息子に少年時代の思い出話を語っている。マイク（イライジャ・ウッド）と弟のボビー（ジョゼフ・マゼロ）は母メアリー（ロレイン・ブラッコ）に連れられ、田舎町で母の再婚相手キング（アダム・ボールドウィン）と一緒に暮らすことになる。粗暴で酒癖の悪いキングはボビーに酷い折檻を繰り返す。兄弟は『ラジオ・フライヤー』というおもちゃの台車で遊び、いつも嫌なことがあると「お願い山」に願い事をしていた。マイクは、ボビーの痛々しい姿を見かね、かつて自転車でお願い山から空を飛んだ伝説を持つフィッシャー老人（ロバート・ミューニック）の協力のもとボビーをラジオ・フライヤーに乗せお願い山から平穏な別世界に旅立たせようと試みる。