スーパーヒーローを育てる空の上の学校、「スカイ・ハイ」。今年もスーパーパワーに恵まれた子供たちが入学してきた。その一人、ウィル（マイケル・アンガラノ）は、現役かつ世界でも有名なおしどりスーパーヒーロー夫妻、ザ・コマンダー（カート・ラッセル）とジェットストリーム（ケリー･プレストン）との一粒種だった。入学早々のクラス分け。ヒーロー組とそれをサポートするサイドキック組に振り分ける実技テストが始まった。少年少女たちはヒーロー組に進むべく、自らの力をそこで披露しなければならなかった。