世の中の全てのウィルスを根絶させる奇跡の新薬が開発されたが、世界征服を企てるブライアン（レイ・チーホン）配下の虎大介（魔裟斗）率いる甲賀忍者軍団が新薬を奪う。しかし、新薬を封じた「箱」の開け方が解らないブライアンは開発した博士の死脳を解析しコピー（ウォン・ジーワー）という若者が開け方を握ると知る。一方、伊賀軍団は響（白田久子）を差し向けコピー捕獲せんとするが、忍者隠里の末裔シウリン（ホアン・シェンイー）が立ちはだかる…。ハーマン・ヤウ監督第４１作。