バグスとの熾烈な宇宙戦争は未だ終わらない。高まる反戦運動も強硬な姿勢で弾圧し、一丸となって人類の存亡をかける連邦政府。ジョニー・リコ大佐が指揮を執る惑星ロク・サンもバグスとの戦闘が続いていた。その基地に連邦軍の英雄アノーキ総司令官が訪れる。リコの元部下ディックと元彼女ローラを引き連れて…。さあ君も祖国のため連邦軍に志願せよ！105分。