ギルモア博士（勝部演之)によって改造されたサイボーグたちは、有事に備えて各々の生活のなかに埋没していた。その一人ジョー（宮野真守)は、無差別テロに揺れる21世紀世界にあって高校生生活を続けていたが、その頭脳に語りかける「彼」の声にあやつられ、東京を「リセット」しようとしていた。それを察知したジェロニモ（丹沢晃之）とフランソワーズ（斎藤千和）の捨て身の行動により、ジョーの記憶は甦り、東京は惨事を逃れる。一方、アメリカを訪れたグレート（吉野裕行)は「彼」の声の引き起こす事件について合衆国諜報員たるジェット（小野大輔）に問うが、ギルモアと袂を分かった彼は口を閉ざす。総てを滅ぼす「彼」とは何者なのか。〔103分〕