（『破』のラストにおいて）第１０の使徒ゼルエルに取り込まれた綾波レイを初号機に搭乗する碇シンジが救出してから１４年が経過していた。覚醒した初号機はニア・サードインパクトを引き起こし地球環境は激変。そんな事態を全く理解できていないシンジは、１４年間の空白を抱えたまま、謎の少年・渚カヲルとの交流を深めていく。『巨神兵東京に現わる 劇場版』と同時上映。