嘗ての戦いから数年、デューク（チャニング・テイタム）はＧＩジョーのリーダーとして作戦に従事していたが、コブラ・コマンダー（ファラン・タヒール）の配下の偽大統領（ジョナサン・プライス）の策謀により部隊が殲滅された。生き残ったのは、デュークとロードブロック（ドウェイン・ジョンソン）、レディ・ジェイ（エイドリアンヌ・バリッキ）の３名。一方、拘束されたストームシャドー（イ・ビョンホン）は、コブラ・コマンダーが幽閉される地下刑務所へ連行されるが、ファーヤーフライ（レイ・スティーヴインソン）も重装備で突入を謀る…。ブルース・ウィリスを客演に迎えた大ヒットシリーズ第２弾。