明治十一年。かつて「人斬り抜刀斎」と呼ばれた伝説の人斬り・緋村剣心（佐藤健）は、東京の神谷道場で師範代の薫（武井咲）ら共に過ごしていたが、そのころ京都では、剣心の後釜の幕府側の人斬りだった志々雄真実（藤原竜也）が暗躍していた。志々雄は自分を使い捨てにし、暗殺しようとした明治政府に復讐するために、強力な軍勢を集めていた。危機を感じた政府の重鎮の大久保利通は、剣心に志々雄の暴走を止めるために、力を貸してほしいと懇願するが、その返事をもらう前に、大久保は志々雄に暗殺される。そして剣心は薫らを残し、ひとり京都へと旅立つのであった･･･。