今まで何度となく世界を救ってきたヒーローチーム「アベンジャーズ」。ある国でのテロリストとの戦いで、数多くの民間人の犠牲者を出してしまった。その功績は認めつつも、強大な力を持つ彼らのことを危険視する者たちから、アベンジャーズを国連の監視下に置くことが議論される。やむを得ないと思うアイアンマンのスターク社長（ロバート・ダウニーＪｒ． ）に対し、キャプテン・アメリカ（クリス・エヴァンス）は危惧し、反対する。そんな中、新たなテロ事件が発生。容疑者として、キャプテンの旧友バッキー（ウィンターソルジャー）が指名手配され、対立は決定的なものとなってしまうが…