スーパーマン亡き後、世界は悪党たちが跋扈していた。バットマン（ベン・アフレック）やワンダーウーマン（ガル・ガドット）らが世界を守っていたが、新たな敵が生まれつつあった。復活したステッペンウルフは、３つ揃うと強大な力を得る「マザーボックス」を集めるために、アマゾンの島を急襲、大きな犠牲を出し、箱は奪われてしまう。そこでバットマンは、強大な敵と立ち向かうために、仲間を集めようとするが、一筋縄ではいかない面子に、手を焼くことに･･･。