愛する母を失ったクララ（マッケンジー・フォイ）は、父（マシュー・マクファディン）からクリスマスイヴに鍵のかかった小箱を遺品として受け取る。名付け親ドロッセルマイヤー（モーガン・フリーマン）にその箱の意味を尋ねるクララ。彼は糸をたどるゲームに彼女を促した。その糸をたどっていったクララは不思議な世界に迷い込む。衛兵であるキャプテン・フィリップ（ジェイデン・フォウォラ・ナイト）の案内のもと世界に足を踏み出した彼女にマザー・ジンジャー（ヘレン・ミレン）の手のものが襲い掛かるのだが…。共同監督名義のジョー・ジョンストンは撮り直し部分のみ担当。