東京湾で開業予定の統合型リゾート、エッジ・オブ・オーシャンでサミット開催予定の国際会議場の地下で爆発事故が発生する。警視庁で捜査会議が開かれるが、そこでの会議の中、現場に残された遺留物に毛利小五郎・声小山力也の指紋が検出され、爆破犯の容疑で連行される小五郎。残された蘭・声山崎和佳奈たちは母である妃英理弁護士の助けを得ようとするが、身内であるためと他の弁護士を探すも誰も受けてくれない。コナン・声高山みなみ、灰原哀・声林原めぐみ、少年探偵団たちは協力して小五郎の無罪を証明しようとする。警視庁公安の過去に潜む謎が引き起こす事件に立ち向かっていくコナンたちだったが…