早朝の京都・東山。昨年の皐月会のＶＴＲを見ながら歌留多の札を並べていた矢島俊弥・声石川英郎は日本刀の鞘で撲殺される。おりしも皐月会の会長との対談のため大阪を訪れていた毛利小五郎・声小山力也とコナン・声高山みなみ一行（蘭・声山崎和佳奈と少年探偵団）は、皐月会主催の高校生皐月杯・リハーサル中の枚本未来子・声吉岡里帆と百人一首の高校生チャンピオンの大岡紅葉・声雪野五月の対局を見ていた。そこに日売ＴＶの爆破予告メールが届き、遠山和葉・声宮村優子、服部平次・声堀川りょう、コナン一行は難を逃れるのだが。京都を舞台にコナンたちの活躍が始まる…