動乱の幕末。緋村剣心（佐藤）は、倒幕派・長州藩のリーダー桂小五郎（高橋一生）のもと暗殺者として暗躍。血も涙もない最強の人斬り・緋村抜刀斎と恐れられていた。ある夜、緋村は助けた若い女・雪代巴（有村架純）に人斬りの現場を見られ、口封じのため側に置くことに。その後、幕府の追手から逃れるため巴とともに農村へと身を隠すが、そこで、人を斬ることの正義に迷い、本当の幸せを見出していく。しかし、ある日突然、巴は姿を消してしまう。 「十字傷」に秘められた真実がついに明らかになる。