2029年、総理大臣がホテルで面会中に爆殺される事件が起こる。被害者には草薙素子の501機関時代の上司クルツがいた。草薙は、バトーやトグサらを率いて捜査を開始するが、この事件には素子の出生の秘密が絡んでいるのだった。漫画『攻殻機動隊』発表25周年記念完全新作アニメにしてARISEシリーズ完結作。100分。