黒死病（ペスト）が流行り出す頃のイタリアの小村ペシアのテアティン修道院に６歳の少女ベネデッタが入院する。それから１８年経ちベネデッタヴィルジニー・エフィラは一人前の修道女になる。ある日虐待を受けていると羊飼いの少女バルトロメアダフネ・パタキアが修道院に逃げて来る。修道院長フェリシタシャーロット・ランプリングから指示され彼女の指導係になるベネデッタ。二人はいつしか怪しい関係に…。その頃からヴィジョン（幻視）でキリストを視るようになるベネデッタ。ある時ヴィジョンを視、聖痕が現れるベネデッタ。ペシアの主席司祭はこのことから修道院長をベネデッタに変えるのだが…