絶滅したと思われていた超巨大古代ザメ・メガロドンを退治してから５年。超ベテランダイバー、ジョナスジェイソン・ステイサムは海洋研究センター「マナ・ワン社」で海底資源の調査を担当していた。CEOのジウミンウー・ジンは「ハイチ」と名付け幼魚から育てた巨大メガロドンを飼いならしていたが雌のハイチは繁殖のため雄を求め脱走し、深海に戻っていった。深海艇でハイチを探しに行くジョナスたちは海底に謎の施設を発見し、調査するが、様々なトラブルと排除攻撃に会い大ピンチに。はたしてジョナスたちはハイチを救うことは出来るのか？海底から脱出できるのか？『MEGザ・モンスター』の続編。