人類の後継者オルフェノクと人類の、絶望的な殲滅戦から20年。オルフェノクの牙城スマートブレイン社は北崎望（藤田玲）を社長とする人類側の組織として復活、オルフェノク残党狩りを繰り返していた。その頃、ライダー555・巧（半田健人 )とともに過激派オルフェノクと戦った真理（芳賀優里亜)は、生還したライダー913・雅人（村上幸平)や、直哉(唐橋充)ら穏健派オルフェノク残党とともに2種族の共存のため行動していたが、もっとも心強い味方、巧は姿を消していた。そして、スマートブレイン社の先兵として新進ライダーの玲菜（福田ルミカ ）らが奇襲をかけてくる。真理が驚愕したのは、玲菜の補佐役として巧が現われたことだった。［65分〕