大怪獣キングギドラが現在に復活した。かつて白亜紀の恐竜たちの生命エネルギーを吸い取り絶滅させたギドラが、次に狙ったのは子供達のそれであった。日本中から次々と子供達が消える一方でギドラはますます強大になり、その力はモスラをも完全に凌駕していた。モスラは子供達の、そして地球の未来を守る為に戦いを挑む。それはモスラ自身の、命を賭けたものであった……。平成の世に復活したモスラ三部作の完結編。