２０４７年、消息を絶ったイベント・ホライゾン号からの救難信号が海王星から届く。イベント・ホライゾン号は７年前に人類史上初の太陽系外縁調査に出発した探索船で海王星付近で消息を絶ったのだ。直ちにＵＳＡＣ救助船ルイス＆クラークが出動する。救助船にはイベント・ホライゾンの推進システムの開発者ウィリアム・ウェアー博士（サム・ニール）も同乗する。突如消えたという船はどこにいたのか、そして何が起きたのか。やがて彼らの前に、沈黙したまま浮かぶイベント・ホライゾンが姿を現す…。