テーマパークとなった島とは別に存在する恐竜飼育用のサイトＢ、ここは台風の直撃により施設が壊滅状態になり、恐竜が放し飼い状態になっていた。ジュラシック・パークを運営するインジェン社の社長ルドローは、内地サンディエゴでのパーク開園を目指して恐竜捕獲に乗り出す。一方でそれを阻止しようと前代表ハモンドは妨害するメンバーをサイトＢに送り込む。