戦闘の最中に失われた帝国陸軍の軍旗。これを取り戻すべく、各部隊で戦死広報に乗りながらも後に生き残っていたと分かったならず者連中による部隊、通称「独立愚連隊」が旗の奪回の命を受ける。待ち受けるは同じく軍旗を狙う敵国の兵士、果たして彼等は無事に取り戻すことが出来るのか？　前作『独立愚連隊』のヒットを受け製作された続編。