東宝創立３５周年を記念して製作された怪獣映画。同社は１９６２年に版権元からキングコングの権利を５年契約で得ていたが、この年はちょうどその権利の切れる年にあたる。契約内容の中には「本家と同じデザインにしない」「コングは殺さない」というものがあったそうである。『キングコング対ゴジラ』のラストでコングだけが泳ぎ去っているのはその影響といえる。

　最大の見せ場は東京タワーでの決闘だが、スケール１２分の１という超精密ミニチュアがスタジオいっぱいに組まれ（格闘場所は移動しているので、当然それごとにミニチュアを組んでいる）、金属の柵や細かなビスまでも忠実に再現されている。なおメカニコングは通常用とアクション用の２体の着ぐるみが作られたが、最後の格闘シーンでは余りにも激しいものになったので肩のパーツを外して撮影したとか。

　なお本作の併映作品は『長編怪獣映画ウルトラマン』。ハヤタ隊員役の黒部進は、本作でドクター・フーの手下役として登場している。