無数のアンノウンがﾞ超能力開発研究所゜を襲撃した.氷川誠(要潤)が装着する仮面ライダーG3-Xの活躍も空しく研究所は壊滅。混乱の中超能力を持つ・紗綾香(木村茜)とレイ(大高力也)が逃げ出した...数週間後G3-Xを管理する小沢澄子(藤田瞳子)の元に深海理沙(小沢真珠)が派遣されたが翌日一方的に辞めてしまう.....２ヶ月後アンノウンに襲われる紗綾香を助ける為仮面ライダーアギトに変身した津上翔一(賀集利樹)、G3-Xも駆けつける.....が!そこへ突如出現した仮面ライダーG4(唐渡亮)が現れアンノウンを撃破した・・・・・。 しかしそれは新たな闘いの幕開けだったのだ.......