17世紀。カリブ海に面する港ポートロイアル。総督の娘エリザベスは少女時代に海賊から助けられた少年ウィルの持っていた金のメダルを今でも身につけていた。時が経ち、エリザベス(ナイトレイ)は美しく成長し、新総督から求愛されるまでになる。一方鍛冶屋となったウィル(ブルーム)は身分違いの恋心に迷っていた。そんな時に突然町にやってきた伝説の海賊ジャック(デップ)と、それに合わせるかのように、かつてジャックの持ち船で、今は彼を裏切ったバルボッサ(ラッシュ)に率いられる海賊船ブラック・パール号が町を蹂躙する。エリザベスをさらわれ、ウィルは彼女を救うべく牢に入れられていたジャックに助力を求めるが…