白色彗星帝国との死闘を終え残存艦隊を率いたデスラーは，母星ガミラスに地下鉱物を盗掘する謎の船団を発見する。故郷を荒らされ激怒するデスラー。迷うことなく猛攻撃を加えるが，皮肉にもこれがガミラス本星の崩壊を招き，更には連星を失って軌道を外れたイスカンダルの暴走を引き起こしてしまう。デスラーからの通信を受け，かつての恩人イスカンダルの窮地を知ったヤマトはその迷走宙域へと向かう。するとそこへ謎の艦隊が現れる。その名は暗黒星団帝国。ヤマトとイスカンダルの運命や如何に。