普通の高校生キョンが宇宙人未来人超能力者、世界の創造者？ハルヒと出会って早9ヶ月。クリスマス前の12月18日、キョンはここ数日間のクラスの状況が急変した様に感じ国木田にそれを確かめるが彼の認識と国木田のそれは大きく違っていた。呆然としているとそこに居るはずのない人物がキョンの目の前に現れハルヒの席は自分の席だと言う。ここにキョンは世界が自分以外大きく変わってしまった事に気がつき呆然とする。