舞台は第二次世界大戦末期の1944年、ポーランド・アウシュビッツ収容所。4ヶ月の延命と引き換えに同胞であるユダヤ人をガス室に送る「特別任務」を行う「ゾンダー・コマンド」達は、その任務を遂行しながらも一方で密かに暴動を企てていた。そんなある日、彼らはガス室で奇跡的に生き残った少女を発見し、コマンドー同様にナチスの元で医者として働くユダヤ人医師ニスリの手当てを受けさせ、彼女は一命を取り止める。「この少女を助けたい」――彼らのこの望みは叶うのか、そして暴動は成功するのか。