部分的に記憶を取り戻したジェイソン・ボーン（マット・デイモン）が姿を消して数年。かつての仲間であったＣＩＡ局員のニッキー（ジュリア・スタイルズ）はアイスランドの支局に潜入しボーンにまつわる極秘情報をハッキングした。ボーンが潜伏するらしいギリシャへ赴いたニッキーは経済危機の紛争の大混乱の中で何とかボーンと接触する。だが、ＣＩＡ長官デューイ（トミー・リー・ジョーンズ）の指揮下放たれた暗殺者アセット（ヴァンサン・カッセル）が２人を追跡していた…。シリーズ第５作。４作目では降板したデイモン、グリーングラスの復帰作。