西暦２７４０年。連邦捜査官のヴァレリアン（デイン・デハーン）は穏やかに暮らしている民族が殺戮される悪夢から目覚めるのであった。相棒のローレリーヌ（カーラ・デルヴィーニュ）と合流し彼らが向かったのは千の惑星の都市との異名をもつアルファステーション。そこで、惑星キリアンの闇市場でエネルギー変換生物ミュールの奪取を命じられる。ヴァレリアンはローレリーヌにホの字であって再三プロポーズをするがシカトされていた。そんな微妙な関係の中、何とかミッションを遂行し本部に帰還するが、新たな指令が下される…。『スター・ウォーズ』に影響を与えたコミックをリュック・べッソンが万全を期して映画化。