人間の父親と魔女の母親との間に生まれた１３歳の少女・キキは魔女の掟に従い、満月の夜に相棒の黒猫・ジジとともに自立の旅へと出発する。大きな時計台のある町のパン屋に下宿させてもらったキキは、空を飛べる能力を生かして配達屋を始めるが、辛い仕事もあり、キキは空を飛ぶ能力を失ってしまう。