海上自衛隊のイージス艦「ほたか」の公開訓練にコナンといつもの一行が参加する。その前日「ある国」の船籍と思われる不審船が発見されていた。公開訓練が行われる中、婦人自衛官・七海（声：柴咲コウ）が乗っていることに疑問を抱くコナン。そんな中、自衛官の片腕が給排水口で発見される。殺人事件であると判断され毛利小五郎の出番となるのだが……。 最高機密であるイージス艦のデータ漏洩危機を背景にコナンと阿笠博士、灰原哀、服部平治らの一秒を争う活躍が始まる。