士郎正宗の近未来SFマンガ『アップルシード』のフルCG劇場アニメーション第3作。全世界を巻き込んだ非核大戦後、廃墟と化したニューヨークで元SWATのデュナン・ナッツとサイボーグのブリアレオスは傭兵稼業に身をやつしていた。ある日、残存ドローンの掃討に向かった2人は謎の部隊に追われていた兵士と少女に出会う。理想都市国家オリュンポスから来たという彼らと行動を共にし、新たな戦いに活路を見出そうとするデュナンとブリアレオスだったが……。