MJ(キルスティン・ダンスト)への求婚も決意し、順風満帆のピーター(トビー・マグワイア)。彼はスパイダーマンとしても、平和を守り悪と戦う英雄としてNY市民から絶大な人気。その状況に地に足の着かない気分の彼は、主演した舞台を酷評され落ち込むMJとすれ違い始めたり、新たなカメラマンにその座を追われたりと雲行きが怪しくなってくる。その上祖父を殺した真犯人が脱獄したり、復讐の機会を伺っていた元親友ハリーの襲撃、謎の液状生命体が取り憑くなど、公私の劣勢に苦悩していく(139分)。