あれから二年････。ジェイソン・ボーン（マッド・デイモン）は、愛するマリー（フランカ・ポランテ）とともに、インドの地で幸せな時間を過ごしていた。ところが彼らは、突然に謎の男からの急襲を受ける･･･。同じころ、ＣＩＡの諜報員が殺害され、重要なファイルを奪われる事件が発生。捜査官のパメラ（ジョーン・アレン）は、残された指紋から、犯人はボーンと判断し、捜査の手を広げるが、かつての「トレッドストーン（踏み石）作戦」と呼ばれる、謎のプロジェクトに突き当たることに。そしてボーン自身も、襲撃された真相を探るため、パメラたちを探るが･･･。