クルタ族の生き残りクラピカは、奪われた同胞の「緋の目」を取り返すべく旅をしているが、ある日、何者かに襲撃をされ、生きたまま、自らの「目」を奪われてしまう。知らせを聞いて駆けつけた、仲間のゴン、キルア、レオリオであったが、彼らの前に宿敵「幻影旅団」が立ちふさがる。それはかつて「ＮＯ．４」であった謎の男の存在があった。そしてまた、ゴンも目を奪われてしまう･･･。