ＣＩＡのベテランエージェント、イーサン・レナー（ケヴィン・コスナー）は、ある日、末期がんで「余命は３ヶ月」と宣告される。残された時間を家族と過ごすために、別れた妻子が住むパリへやってきた。しかしヴィヴィという女エージェントが彼に近づき、「特効薬をあげる」代わりに、テロリストを探す任務を持ちかける。そうとは知らない１６歳の娘ゾーイは、なかなかイーサンに心を開かず、手を焼く。それでも少しでも家族との時間を長く過ごすために、彼の「ラストミッション」が今はじまる･･･。