京都で暗躍する志々雄真実（藤原竜也）らによる「京都大火」を未然に防いだ剣心（佐藤健）であったが、志々雄は鋼鉄船「錬獄」で東京へ向けて出航し、剣心はさらわれた薫を助けるために、海に飛び込んだ･･････。剣心が目を覚ますと、そこには飛天御剣流の師匠・比古清十郎（福山雅治）が。剣心は志々雄と戦うにはまだ力不足と感じ、比古に「最終奥義」を伝授してもらうように懇願する。一方、志々雄は 東京湾で砲撃を初め、総理・伊藤博文に「剣心を捕らえて、処刑するように」と、明治政府を脅迫するのだった･･･。