ホグワーツ出身の魔法動物学者のニュート（エディ・レッドメイン）は、ある目的のためにＮＹへやってきた。彼のトランクの中には「魔法動物」がいっぱい入っていた。ところが、パン屋になりたい人間のジェイコブとカバンを取り違えてしまい、魔法動物がたくさん逃げ出してしまった。アメリカの魔法議会に勤めるティナらと協力して動物たちをとらえようとするが、人間たちに魔法の存在を知られてはいけないので、慎重に進めるつもりが、動物たちの力で大混乱に･･･。しかしもっと邪悪な「何か」が現れ始めていることを彼らは知らなかった･･･。