前回、テレサ（カヤ・スコデラーリオ）の裏切りにより、秘密組織ＷＣＫＤに連れ去られた仲間のミンホを救出するために、トーマス（ディラン・オブライイエン）らは、護送列車を襲撃するが、失敗した。「ラストシティ」と呼ばれる隔離都市に連行された仲間を助けるために、ＷＣＫＤに対抗するレジスタンスの男の協力で、シティへの侵入を試みる。拉致された仲間たちから、ウイルスの抗体を搾り取るための施設を探すが、そこにはかつての仲間テレサが、研究を担当していた･･･。