ある嵐の夜、港町の灯台守の青年は、海で謎の女性を助ける。二人は恋に落ち、やがて男の子アーサーを授かる。しかし、女性は海の帝国アトランティスの女王アトランナ（ニコール・キッドマン）で、帝国からの追手の襲撃を避けるために、ひとり海に帰っていった･･･。時は流れ、アーサー（ジェイソン・モモア）は立派な青年へと成長した。彼は人間とアトランティスの二つの血を受け継ぎ、海中を自由自在に泳ぎ、海の生き物と意思の疎通ができた。そんな彼の前に海底国の王女メラが現れ、アーサーの異父弟の若き海の王様オームの暴走を止めてほしいと懇願しに来るが･･･