嵐の夜の地中海に浮かぶ一人の男（マッド・デイモン）。漁船に助けられた彼は背中に銃弾を浴びていた。意識を取り戻すものの、記憶を失っていた。いったい自分は何者なのか判らないまま、彼は唯一の手がかりである、皮膚の下に埋め込まれていたカプセルに書かれた、スイスの銀行へ向かった。謎の貸金庫の中には「ジェイソン・ボーン｣という名のアメリカ国籍のパスポートが。それが自分の正体かとおもいきや、そこには全く別の名前の６ヶ国のパスポート、各国の紙幣の大金、さらには拳銃までが残されていたのだった。