小さい頃に父を失った少年ジムは、いつも騒ぎを起こしては母親に迷惑をかけてばかり。しかし、ある時ひょんなことから不思議な地図を手に入れたジムは、物理学者のドップラー博士とともに宇宙へ宝探しの旅に出かけることに。船内で出会った料理長のジョン・シルバーに付き添ううち、その姿に父親の姿を重ねはじめるジム。しかし、そのシルバーは何かいわくありげな様子で……