鋼の錬金術師と異名をとるエドワード・エルリックと、弟のアルフォンス・エルリックは、ある日、脱獄した男を追ってテーブルシティという街へと辿りついた。そこは地上と言ってもいい栄えた街と、過去にミロスと呼ばれていた巨大な崖に周囲を覆われている街とで形成されていた。そこでエルリック兄弟はミロスのレジスタンス組織に所属する1人の少女と出会う。ジュリア・クライトンと名乗るその少女からはかつてその地で起きた惨劇を、そしてミロスの住民の悲しい歴史を聞かされる。