渋谷の街頭で一人の少女が爆死した。特命刑事だった彼女は、爆弾や自殺などの知識をアップする謎のサイト「エノラゲイ」に突如表示された秒読み時計の謎を解くため、その関与が噂される聖泉学園に潜入していた。同じ頃、ニューヨークに暮らすある母娘（斉藤由貴・松浦亜弥）にスパイ容疑が掛かり、娘は大暴れの末日本へ強制送還される。特務捜査官・吉良（竹内力）は、日本政府による母の釈放要請と引き換えに、少女に特務捜査官としてエノラゲイの謎を解くよう命じた。鋼鉄のヨーヨーを手にした少女は、過去には母も名乗っていた「スケバン刑事・麻宮サキ」として、陰謀渦巻く聖泉学園へと潜入を試みる。