ジーン・グレイ（ファムケ・ヤンセン）が水流に呑まれ消息を絶ってからいくらかの時が過ぎたが、サイクロップス（ジェームズ・マーズデン）らが悲しみに打ちひしがれていた頃。ようやく穏やかになった世情のなかで、突如ミュータントを「治療」し、人間に「戻す」新薬・キュアの開発が明らかにされた。マグニートー（イアン・マッケラン）ら強硬派はこれに敢然と反発、各地でキュア廃棄運動が燃え盛った。その中で放浪のサイクロップスはジーンがいまだ生きていることを知り、再会の抱擁を果たす。だが、それっきり彼は帰らなかった。不穏な空気を感じ取ったウルヴァリン（ヒュー・ジャックマン）は帰ってきたジーンを迎えるが…。〔105分/カラー/スコープサイズ〕