不器用な中学生の少女・琉花（芦田愛菜）は、夏休みに部活でトラブルを起こしてしまい、教師から帰宅を命じられた。途方に暮れた彼女は、父（稲垣吾郎）の勤務する水族館に足を運び、幾度となく訪れた大水槽の前に佇む。そんな時、短髪の少年・海（石橋陽彩）が大水槽内を泳ぎ琉花の前に降り立った。フレンドリーな海は生まれたときよりジュゴンに育てられ、この水族館に調査をかねて居場所を作ってもらったのだという。彼に惹かれる琉花だったが、同じ環境で育った海の冷徹な兄・空（浦上晟周）に冷笑され、少なからず気分を害するのだった。同じ頃、異変が地球に起こり始める。鯨たちは歌い、流星の流れるなか魚たちが日本近海に集結するのだった。〔111分〕