産業革命後、急速に進展した文明を全世界が享受した平行世界。極東の一国であった日本もいまだ封建社会を堅守しつつ、その恩恵に預かっていた。だが、「カバネ」と呼ばれる生ける屍の急速な増大によって社会は蝕まれ、人は重装甲を施した機関車の線路に繋がれた城塞都市に隠棲せざるを得なくなる。そんな中、カバネの強靭な戦闘力と人の理性を兼ね備えた「カバネリ」という存在が現われた。機関車「甲鉄城」の構成員である生駒（畠中祐）も過酷な運命に晒されてカバネリとなるが、堅い信頼で結ばれた仲間たちとともに戦い、少女戦士・無名（千本木彩花）との愛情を貫く。そして甲鉄城は日本海の要害、海門にたどり着く。〔67分〕