闘いを司る女神ながら、秩序と平穏を理想とするアテナが地上に転生した。彼女を護るべく肉体を究極まで鍛え、聖衣をまとい感性を神に近い段階まで研ぎ澄ました若者たちを、人は聖闘士（セイント）と呼んだ…。城戸財閥総帥の娘・沙織（佐々木彩夏）は、16歳の誕生日を迎えるとともにおのれがアテナ女神の転生体であることを知らされる。それを納得する間もなく、音速の拳をふるう鎧に身を包む刺客の攻撃にさらされる彼女は、危機一髪のところを少年たちに救われる。星矢（石川界人）を中心とする少年たちは沙織の守護を使命とし、サンクチュアリにおいて沙織をアテナの名を騙る逆賊として付け狙う教皇（山寺宏一)に立ち向かおうとしているのだった。〔93分〕